Підготовка здобувачів наукового ступеня кандидата наук в Харківській державній академії фізичної культури здійснюється за спеціальностями:

• 24.00.01 – «Олімпійський і професійний спорт»;
• 24.00.02 – «Фізична культура, фізичне виховання різних груп населення»;
• 24.00.03 – «Фізична реабілітація».

Організація роботи аспірантури Харківської державної академії фізичної культури виконується згідно з Положенням про підготовку науково-педагогічних і наукових кадрів, затвердженим Постановою Кабінету Міністрів України від 1 березня 1999 р. № 309.

З 2016 року підготовка здобувачів ступеня доктора філософії в Харківській державній академії фізичної культури здійснюється за спеціальністю 017 – «Фізична культура і спорт» відповідно до Порядку підготовки здобувачів вищої освіти ступеня доктора філософії та доктора наук у вищих навчальних закладах (наукових установах), затвердженим Кабінетом Міністрів України № 261 від 23 березня 2016 року.